1.蛋白本身的特性：蛋白分子量大小、蛋白來源/物種、是否為毒性蛋白，蛋白翻譯后修飾程度、蛋白自身結(jié)構(gòu)的復(fù)雜程度

2.宿主的選擇：宿主本身的特性、蛋白表達(dá)需求等都影響著蛋白表達(dá)

3.蛋白需求量：蛋白應(yīng)用范圍對應(yīng)的需求量不同，所以要根據(jù)需求量確定表達(dá)系統(tǒng)

4.質(zhì)粒載體的選擇：載體是攜帶外源基因的工具，要根據(jù)系統(tǒng)選擇合適的載體才能使蛋白更好的表達(dá)

5.融合標(biāo)簽的選擇：蛋白重組表達(dá)過程中采用親和標(biāo)簽融合表達(dá)有兩方面的作用：一方面是為了使蛋白純化過程變得更加容易；另一方面是為了促進某些不溶性蛋白可溶

6.蛋白表達(dá)系統(tǒng)的優(yōu)化：重組蛋白的表達(dá)往往不像理論那樣一帆風(fēng)順，在實際的表達(dá)過程中有可能產(chǎn)生各種各樣的問題，因此表達(dá)系統(tǒng)的優(yōu)化很重要。